香格里拉市红十字会原属香格里拉市卫生局下属机构，2011年6月，在市委、市政府的高度重视下，为认真贯彻实施《中华人民共和国红十字法》，根据《关于理顺中国红十字会总会管理体制的通知》（中编办字〔1999〕136号）文件精神，经市委研究，同意设置香格里拉市红十字会，列入群团序列，为事业（参照公务员管理）单位，正科级。市红十字会核定事业（参公）编制共4名，工勤编制1名，其中：设专职副会长1名（正科），秘书长1名（副科）。2023年2月，根据《中共迪庆州委办公室 迪庆州人民政府办公室关于印发<迪庆州参照管理单位规范设置工作方案的通知>》（迪办通〔2023〕2号）、《中共香格里拉市委办公室 香格里拉市人民政府办公室关于印发<香格里拉市参照管理单位规范设置工作方案的通知>》（香办通〔2023〕4号）文件精神，规范设置市红十字会机构编制规范事项，核增1名副科级领导职数（副监事长），调整后核定事业编制6名，机构规格为正科级，设会长1名（由市级领导兼任），常务副会长1名（正科级），副会长1名（副科级），副监事长1名（副科级）。编制机构为：参公人员5名，工勤技能1名。

香格里拉市红十字会设2个内设机构:
（一）办公室：负责机要、保密、档案、文电处理，行政、人事、综合性会议和较大活动的组织，指导下级红十字会的组织发展与建设，承担本市红十字会干部业务培训工作；负责会费的收缴、使用和管理；负责指导学校红十字会青少年活动及志愿工作队伍建设；开展国际人道法与红十字运动知识的传播工作；宣传、检查、督促红十字法的实施。  
（二）救灾备灾中心：负责备灾救灾、赈济工作；负责重大自然灾害和突发事件的救助，及时了解并报告灾情，提出市内救助意见；负责救灾物资的接收、统计、分配和发放工作；负责救灾、赈济计划的制订与实施；组织募捐活动；与有关部门组织群众性的卫生救护培训，普及防病知识；建立健全红十字互救网络；宣传、推动无偿献血和器官、遗体捐献、骨髓移植供者的登记工作；筹措红十字会备灾资金；负责红十字报刊的征订发行工作,兼职会计相关工作。