丽江市古城区红十字会于2015年12月独立，原机构挂靠丽江市古城区卫生局，原名为红十字会办公室。
2015年12月，根据《中共丽江市古城区委机构编制办公室关于古城区红十字会主要职责内设机构和人员编制方案的通知》，设立古城区红十字会，暂定公务员人数3名，专职常务副会长1名（正科级），副会长1名（副科级）。
2019年4月，中共丽江市古城区委办公室印发《丽江市古城区红十字会职能配置、内设机构和人员编制规定》的通知，丽江市古城区红十字会机关人员编制5名（群团机关使用事业编，人员参照《中华人民共和国公务员法》管理）。设常务副会长1名（正科级），副会长1名（副科级），监事会专职副监事长1名（副科级）。
2023年1月，中共丽江市古城区委机构编制委员会办公室核减丽江市古城区红十字会编制1名，调整后，丽江市古城区红十字会参公管理事业编制4名。
丽江市古城区红十字会现有干部职工5名，其中党员3名。