文山市红十字会于2012年11月12日独立设置，为文山市财政全额拨款的正科级事业单位，2016年纳入参公事业单位管理，属于群团组织，核定编制6人，会长由市人民政府分管副市长兼任，设常务副会长1名（正科级），副会长1名（副科级），副会长兼秘书长1名（副科级），专职副监事长1名（副科级），内设机构为综合业务股。2023年在职在编人员7人，其中常务副会长1人、副会长1人、副会长兼秘书长1人、专职副监事长1人，其他工作人员3人。

设1个内设机构：综合业务股。负责机关日常运转工作；负责信息、文秘、文书档案、保密、收发、安全生产、后勤服务等工作；负责党风廉政建设、党建工作、意识形态、精神文明建设、依法治市、精准扶贫工作；负责政务信息公开；负责工会工作；负责财务、人事、出纳、物资采购工作；负责拟订有关管理规章制度并组织实施。负责红十字会社会事业发展工作，重点是发展团体会员单位及会费收缴；负责卫生应急救护培训工作；负责人道救助和募捐筹资工作；负责推动无偿献血、遗体和人体器官捐献工作，参与开展造血干细胞捐献的相关工作；负责红十字志愿服务、红十字青少年工作；负责利用新媒体平台进行宣传红十字会工作；负责仓库物资管理，提升备灾救灾能力工作；负责对自然灾害和突发事件的调查上报和现场救助；负责统计、信息材料报送等工作。