丽江市红十字会成立于1988年3月，原名丽江地区红十字会，机构挂靠丽江地区卫生局。1998年9月经地区行政公署批准，行署编办核定给地区红十字会专职事业编制2名，配备了1名副会长及1名秘书长，机构挂靠地区卫生局。

2002年2月，中共丽江地委批复丽江地区红十字会机构独立设置，核定事业编制3名，专职副会长1人（副处级）、秘书长1人，工作人员1人，机构参照《国家公务员法》进行管理。2003年丽江撤地设市，丽江地区红十字会更名为丽江市红十字会。

2005年7月，增设了1名工勤编制。2008年8月配备了1名专职副会长（正处级），增设了1名调研员。2011年3月，经丽江市机构编制委员会审核，丽江市人民政府批准，确定丽江市红十字会是从事人道主义工作的社会救助团体，机构规格为正处级，内设办公室、赈济救护科，核定丽江市红十字会机关公务员编制数7名，工勤编制数1名，其中常务副会长1名（正处级）、副会长1名（副处级），正科级领导职数2名、副科级领导职数1名。

2011年7月，成立丽江市红十字会机关党支部，组织关系隶属于市委市直机关工委。同年10月，经市委批准设立中共丽江市红十字会党组。

2015年5月，成立丽江市红十字会工会，组织关系隶属于市总工会直属工会工作委员会。

2016年4月，丽江市机构编制委员会修订丽江市红十字会主要职责内设机构和人员编制方案，内设3个正科级机构，分别为办公室、赈济救护科、事业发展科。核定丽江市红十字会机关事业编制数9名，工勤编制数1名。

2018年6月设立监事会，监事长1名由市人大教科文卫委主任兼任，配备专职副监事长1名（副处级）。

2019年3月，丽江市机构编制委员会修订丽江市红十字会职能配置、内设机构和人员编制，确定丽江市红十字会是市委领导的群团组织，为正处级，列入市级群团机构序列。内设3个正科级机构，分别为办公室、赈济救护科、筹资财务科。核定编制10名（使用事业编制，人员参照《公务员法》管理）。会长1名由市人民政府领导兼任，设常务副会长1名（正处级）、副会长1名（副处级）、监事会专职副监事长1名（副处级），正科级领导职数3名，副科级领导职数1名。

2019年7月，丽江市红十字会办公地点从丽江市古城区玉福路16号搬迁至丽江市古城区玉雪大道278-3号。

2020年1月，丽江市人民政府办公室印发《丽江市红十字会改革方案》，提出了改进治理结构、优化机构设置，改革组织人事制度、加强领导班子和干部队伍建设，转变思想观念、推动红十字工作创新，加强公信力建设、提升人道服务能力，加强理论研究、大力开展宣传工作，加强基层组织和阵地建设、动员社会力量广泛参与，加强党的领导、加大党委政府对红十字工作的支持力度等7个方面的改革措施。

2022年12月，丽江市机构编制委员会核减丽江市红十字会编制2名，调整后，丽江市红十字会参公管理事业编制8名。

丽江市红十字会现有干部职工12名，其中党员10名。